Действие фильма разворачивается в Нью-Йорке, над которым вновь нависла очередная опасность. Огромному городу угрожает тьма в лице зловещего Шреддера и его вездесущего Клана Футов, имеющего повсеместный контроль над властными и правоохранительными структурами.

Ближайшее будущее кажется мрачным и бесперспективным, и город, как никогда, нуждается в героях-защитниках. Как нельзя, кстати, из недр канализации поднимается на поверхность четвёрка отверженных, когда-то, братьев Черепашек-ниндзя. Они раскрывают людям своё предназначение, и у жителей города появляется реальная надежда на спасение.

Отчаянная и бесстрашная журналистка Эйприл О'Нил решает освещать работу новоявленных героев. Вместе со своим оператором Верном Фенвиком девушка объединяется с коллективом Черепашек-ниндзя, чтобы противостоять дьявольским козням Шреддера и спасти свой родной город от порабощения сущностями, явившимися из иного измерения.